Skip to main content

Table 1 Annotated genes/genetic elements near the Mtv-8 locus on chromosome 6 of C57BL/6J genome

From: Prevalent de novo somatic mutations in superantigen genes of mouse mammary tumor viruses in the genome of C57BL/6J mice and its potential implication in the immune system

Gene ID

Location

Strand

Gene ID

Location

Strand

 

Start - End

  

Start - End

 

LOC667318

67202018 - 67217006

-

Igκv2-109

68252433 - 68253152

+

Serbp1

67216973 - 67235957

+

Igκv1-108

68262048 - 68262353

+

Il12rb2

67242012 - 67326131

-

Igκv2-107

68276092 - 68276746

+

LOC667324

67334405 - 67335335

-

Igκv11-106

68289521 - 68289989

+

EG667326

67339326 - 67339514

-

Igκv2-105

68298655 - 68299435

+

LOC672137

67356478 - 67356775

-

LOC384408

68339183 - 68336335

-

EG209589

67363870 - 67365006

-

Gm1067

68375599 - 68376066

+

100042890

67367652 - 67368047

-

Igκv15-103

68387462 - 68387919

+

Il23r

67372926 - 67441849

-

Igκv15-102

68416584 - 68416120

-

Tacstd2

67484053 - 67485816

-

Igκv20-101-2

68424882 - 68425092

+

Igκ Cluster

67505630 - 70676748

 

Igκv15-101-1

68429076 - 68429567

+

Igκv2-137

67505630 - 67506210

+

Igκv15-101

68431415 - 68431712

+

4930515G16Rik

67515693 - 67515228

-

Igκv14-100

68469006 - 68469471

+

Igκv1-136

67543870 - 67544302

+

Igκv1-99

68491652 - 68492416

+

243420

67559739 - 67560502

+

Igκv12-98

68520757 - 68521229

+

LOC723992

67584114 - 67582894

-

Igκv15-97

68541374 - 68541826

+

EG628006

67591690 - 67591491

-

Igκv10-96

68582424 - 68581959

-

Igκv14-134-1

67661622 - 67661168

-

Igκv2-95-2

68598525 - 68597993

-

Igκv17-134

67671219 - 67670723

-

Igκv2-95-1

68620746 - 68621329

+

EG628027

67674908 - 67675655

+

EG434031

68630373 - 68630842

+

LOC384401

67685575 - 67684065

-

EG667550

68654972 - 68654502

-

EG628042

67698717 - 67698518

-

Igκv2-93-1

68663502 - 68662919

-

EG243423

67709694 - 67710407

+

Igκv19-93

68686758 - 68686291

-

EG628056

67716030 - 67716766

+

Gm1408

68705587 - 68705032

-

EG628072

67741040 - 67741505

+

ENSMUSG76532

68719097 - 68718549

-

Igκv9-129

67789787 - 67790260

+

Igκv4-90

68757702 - 68757174

-

Igκv9-128

67797403 - 67797868

+

Igκv13-89-1

68760489 - 68760537

+

EG243433

67811153 - 67811653

+

Igκv12-89

68785301 - 68784840

-

Igκv14-126-1

67826005 - 67826471

+

Igκv1-88

68813025 - 68812259

-

LOC723993

67833604 - 67830690

-

Igκv13-87

68852795 - 68853260

+

EG628127

67846171 - 67846636

+

Gm459

68860932 - 68860405

-

ENSMUSG76510

67863567 - 67864046

+

Igκv13-85

68880728 - 68880263

-

EG243431

67892534 - 67892070

-

Igκv13-84

68889596 - 68890061

+

EG628144

67904684 - 67904224

-

Igκv4-83

68912013 - 68911372

-

Igκv1-122

67966736 - 67967482

+

Igκv13-82

68929192 - 68929657

+

EG667435

67986812 - 67987312

+

Gm460

68941288 - 68940752

-

EG434025

67999977 - 68000448

+

Igκv13-80-1

68959137 - 68959507

+

Igκv9-119

68006339 - 68006804

+

Igκv4-80

68967074 - 68966552

-

Igκv14-118-2

68016363 - 68016822

+

Gm194

68993499 - 68992966

-

EG384405

68053427 - 68053083

-

EG628498

69001439 - 69001788

+

Igκv11-118

68055408 - 68055874

+

Igκv4-78

69010218 - 69009684

-

Igκv1-117

68071085 - 68071819

+

EG667621

69061426 - 69060898

-

EG434026

68101879 - 68102611

+

Igκv13-76

69087860 - 69088326

+

EG628206

68110791 - 68111710

+

Igκv4-75

69106653 - 69106112

-

Igκv11-114

68114453 - 68114917

+

Igκv13-74-1

69127410 - 69127781

+

Igκv2-113

68128795 - 68129558

+

ENSMUSG76543

69135355 - 69134820

-

LOC232047

68165365 - 68160919

-

Igκv13-73-1

69140067 - 69140276

+

EG381776

68169975 - 68170699

+

EG628516

69148110 - 69147577

-

Mtv-8

68192379 - 68193706

+

Gm1499

69177377 - 69176848

-

Igκv14-111

68206398 - 68206863

+

Igκv13-71-1

69185921 - 69186152

+

Igκv1-110

68220521 - 68221259

+

Igκv4-71

69193682 - 69193154

-

  1. The Igκ variable gene segments located within 1 Mb upstream and 1 Mb downstream of Mtv-8 locus are indicated in bold. The coordinates of the entire Igκ chain cluster are indicated (underlined).