Skip to main content

Table 3 Genomic map and characteristics of putative MuLV-ERVs harboring the unique U3 sequences

From: Injury-elicited stressors alter endogenous retrovirus expression in lymphocytes depending on cell type and source lymphoid organ

No

Virus

Chr

Location

Ori

Virus size (bp)

PBS

ORF

Occurrence frequency

Reference

From

To

gag

pol

env

1

MuERV-49

1

133539144

133548197

+

9054

Q

-

+

+

U/U

I,II,III,IV

2

MuERV-31

1

166153938

166159683

+

5746

Q

+

-

-

U/T

I,II,IV

3

MuERV-30

1

184187251

184196231

+

8981

Q

+

P

+

U/T

I,II,IV

4

MuERV-33

1

193757492

193766472

+

8981

Q

+

P

-

U/T

I,II,IV

5

MuERV-35

2

57066823

57075803

-

8981

Q

+

+

+

U/T

I,II,IV

6

MuERV-3

2

156182292

156189341

-

7050

Q

+

-

+

U/U

III,IV

7

MuERV-48

3

66900000

66907716

+

7717

Q

+

-

-

U/U

I,II,III,IV

8

MuERV-55

3

151986104

151995146

+

9043

Q

+

+

+

U/U

I,II,III,IV

9

MuERV-29

4

101535762

101544743

-

8982

Q

+

P

+

U/T

I,II,IV

10

MuERV-28

4

107818639

107827621

-

8983

Q

+

+

+

U/T

I,II,IV

11

MuERV-2

4

132651872

132657538

+

5667

Q

-

-

-

U/U

I,II,III,IV

12

MuERV-6

4

133715306

133720617

+

5312

Q

+

-

-

U/U

I,II,III,IV

13

MuLV_ERV4-5*

4

145686198

145694956

-

8759

Q

+

+

+

U/U

this study

14

XMV9

4

146592937

146601658

+

8722

Q

+

+

+

U/U

V

15

L-3-9.5

5

23206397

23215063

-

8667

P

+

+

+

U/U

I,II

16

MuLV_ERV5-2*

5

23721126

23727971

-

6846

Q

+

-

+

U/U

this study

17

MuERV-27

5

33864636

33873616

+

8981

Q

-

+

+

U/T

I,II,IV

18

MuERV-18

5

44525599

44534580

+

8982

Q

-

+

+

U/T

I,II,IV

19

MuERV-19

5

77359541

77368522

+

8982

Q

+

+

+

U/T

I,II,IV

20

MuERV-26

7

7022622

7031603

-

8982

Q

P

-

-

U/T

I,II,IV

21

MuERV-24

7

30400226

30408924

+

8699

Q

+

+

P

U/T

I,II,IV

22

MuERV-25

7

31473659

31482639

+

8981

Q

+

P

-

U/T

I,II,IV

23

MuERV-34

7

123575623

123581296

+

5674

Q

+

-

-

U/T

I,II,IV

24

MuERV-10

8

44397084

44405817

-

8734

Q

+

+

+

U/T

I,II,IV

25

MuERV-11

8

87649754

87656141

-

6388

Q

+

P

-

U/T

I,II,IV

26

MuERV-1

8

93410190

93415857

+

5668

Q

-

-

-

U/U

I,II,III,IV

27

MuERV-12

8

122413465

122420940

-

7476

Q

-

-

+

U/T

I,II,IV

28

MuERV-8

9

41713568

41720351

-

6784

Q

-

+

+

U/U

I,II,IV

29

iLN(III)-1a

9

62286981

62295739

+

8759

Q

+

+

+

U/U

I

30

K-4-11.10a

10

8263933

8271066

-

7134

Q

-

-

-

U/T

I II

31

MuERV-53

10

22454084

22463128

+

9045

Q

+

+

+

U/U

I,II,III,IV

32

MuERV-17

10

41156454

41165434

+

8981

Q

+

+

+

U/T

I,II,IV

33

BM-a-2.11e

11

5905655

5911518

+

5864

Q

-

-

-

B/B

III

34

MuERV-22

11

6649425

6658394

-

8970

Q

+

-

+

U/T

I,II,IV

35

MuERV-23

11

820301

8829280

+

8980

Q

+

+

+

U/T

I,II,IV

36

MuERV-50

11

60392151

60399510

-

7360

Q

-

P

-

U/U

I,II,III,IV

37

MuERV-51

11

76362310

76371354

+

9045

Q

+

+

+

U/U

I,II,III,IV

38

MuERV-38

11

88751494

88758280

-

6787

Q

+

-

+

U/T

I,II,IV

39

MuERV-37

12

20704753

20710513

+

5761

Q

-

-

-

U/T

I,II,IV

40

MuERV-16

12

55875211

55884192

+

8982

Q

+

+

+

U/T

IV

41

MuERV-5

13

67985825

67994511

-

8687

Q

+

+

+

U/U

I,II,III,IV

42

MuERV-21

13

99756230

99765210

-

8981

Q

+

P

+

U/T

I,II,IV

43

MuERV-7

14

54912048

54917591

-

5544

Q

+

-

-

U/U

IV

44

L-1-2.14

14

55149203

55157025

-

7823

Q

P

+

+

U/U

I,II

45

MuERV-15

15

76390247

76397432

-

7186

Q

-

-

+

U/T

I,II,IV

46

U-1-5.16

16

76135288

76144269

-

8982

Q

-

P

-

U/T

I,II

47

MuERV-14

16

93697702

93706682

-

8981

Q

-

+

+

U/T

I,IV

48

MuERV-20

18

82862943

82871822

+

8880

Q

-

+

+

U/T

I,II,IV

49

MuERV-32

19

38449512

38456573

+

7062

Q

-

P

-

U/T

I,II,IV

50

MuERV-9

19

61001210

61009936

-

8727

Q

+

+

+

U/U

I,II,IV

51

MuERV-13

X

15051174

15060154

+

8981

Q

+

P

+

U/T

I,II,IV

  1. Chr (chromosome), Ori (orientation), PBS (primer binding site), Q (tRNAglutamine), P (tRNAproline), ORF (open reading frame), + (intact/full-length), - (defective), U (both B- and T- cells; both no burn and burn), B (B-cell), T (T-cell), references I [14], II [33], III [31], IV [30] and V [32]. *MuLV-ERV newly identified in this study. The names of MuLV-ERVs, which have been reported in previous studies, are adapted from the relevant reference in bold.