Table 2 Analysis of longitudinal deep sequencing data for six epitopes in 12 patients
Patients | GI9(Pol) | % | GI11(Gag) | % | VV9(Gag) | % | RI10(Pol) | % | RL9 (Gag) | % | HL9(Gag) | % |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Â | GQDQWTYQI | Â | GQMREPRGSDI | Â | VQNAQGQMV | Â | RQYDQILIEI | Â | RQANFLGRL | Â | HQSLSPRTL | Â |
320018 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
34dpi | ……… | 100.00 | ………. | 100.00 | …….WT | 100.00 | ……V… | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 |
58dpi | ……… | 100.00 | ………. | 100.00 | …….WT | 100.00 | ……V… | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 |
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320019 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
46dpi | ……… | 100.00 | ………. | 96.90 | ……… | 100.00 | ……S… | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 |
|  |  |  | ..I……. | 3.10 |  |  |  |  |  |  |  |  |
58dpi | ……… | 100.00 | ………. | 100.00 | ……… | 80.36 | ……S… | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 |
|  |  |  |  |  | ……..A | 19.64 |  |  |  |  |  |  |
381dpi | ……… | 100.00 | ………. | 100.00 | ……… | 100.00 | ……S… | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 |
320088 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
62dpi | ……… | 100.00 | ………. | 100.00 | ……… | 100.00 | ……P… | 86.45 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 |
|  |  |  |  |  |  |  | ……S… | 13.55 |  |  |  |  |
327dpi | ……… | 100.00 | ………. | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 23.28 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 |
|  |  |  |  |  |  |  | ……P… | 26.90 |  |  |  |  |
|  |  |  |  |  |  |  | ……S… | 64.94 |  |  |  |  |
320135 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
46dpi | ……… | 100.00 | ..I……. | 75.68 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 | ..P…… | 100.00 |
|  |  |  | ………. | 24.32 |  |  |  |  |  |  |  |  |
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|  |  |  | ..I……. | 38.53 |  |  |  |  |  |  |  |  |
427dpi | ……… | 100.00 | ………. | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 | ..PV…. | 100.00 |
325020 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
59dpi | ……… | 100.00 | ………. | 70.29 | ……… | 64.94 | ……… | 98.74 | ..V…… | 100.00 | …V…. | 100.00 |
|  |  |  | ..I……. | 29.71 | …….WT | 35.06 | ……S… | 0.91 |  |  |  |  |
|  |  |  |  |  |  |  | ……P… | 0.35 |  |  |  |  |
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|  |  |  | ..I……. | 8.71 | …….WT | 42.30 |  |  |  |  | ..PV…. | 31.25 |
|  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | ..LV…. | 18.75 |
440230 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
78dpi | ……… | 100.00 | ………. | 100.00 | ……..T | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 |
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|  |  |  |  |  | ……..T | 34.78 |  |  |  |  |  |  |
300471 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
139dpi | ……… | 100.00 | ………. | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 | ..PV…. | 100 |
360dpi | ……… | 100.00 | ………. | 100.00 | ……… | 100.00 | ……P… | 100.00 | ……… | 100.00 | ..PV…. | 100.00 |
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43dpi | ……… | 100.00 | ………. | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 |
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|  |  |  |  |  | …T…. | 16.05 |  |  |  |  |  |  |
320829 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
51dpi | ……… | 100.00 | ………. | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 91.96% | …….K | 100.00 | ..P…… | 100.00 |
|  |  |  |  |  |  |  | ……..K | 8.04 |  |  |  |  |
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|  |  |  |  |  |  |  |  |  | ……… | 33.33 |  |  |
321145 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
38dpi | ..G…… | 61.85 | ………. | 100.00 | ……..T | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 |
|  | ……… | 38.15 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
138dpi | ..G…… | 100.00 | ………. | 100.00 | ……..T | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 |
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321221 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
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325029 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
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|  |  |  |  |  | …….WT | 6.70 |  |  | …….KI | 2.10 | ..PV…. | 1.26 |
|  |  |  |  |  | …T…. | 6.70 |  |  |  |  | ..AV…. | 0.97 |
337d | ……… | 100.00 | ………. | 100.00 | ……… | 100.00 | K……… | 64.60 | ……… | 100.00 | ……… | 100.00 |
|  |  |  |  |  |  |  | ……… | 35.40 |  |  |  |  |